ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ Ι

Στο κεφάλαιο αυτό θα παρουσιαστούν αρχικά, τα απαραίτητα μαθηματικά μοντέλα που περιγράφουν τις αλληλουχίες μακρομορίων και κάποια βασικά ασυμπτωτικά αποτελέσματα που αναφέρονται σε αυτές. Στη συνέχεια θα παρουσιαστούν τα βασικά θεωρητικά αποτελέσματα που αφορούν στη στοίχιση βιολογικών αλληλουχιών. Θα παρουσιαστούν οι τρόποι βαθμονόμησης της στοίχισης, οι τρόποι εύρεσης της στοίχισης, καθώς και τα διαφορετικά είδη αλγορίθμων στοίχισης, ενώ ιδιαίτερη έμφαση θα δοθεί στην αξιολόγηση της στατιστικής σημαντικότητας μιας στοίχισης. Τέλος, θα παρουσιαστούν οι βασικοί ευριστικοί αλγόριθμοι τοπικής στοίχισης (FASTA, BLAST), οι οποίοι χρησιμοποιούνται καθημερινά στη βιοπληροφορική