ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ 3
ΟΔΗΓΙΕΣ
Θα πρέπει να αποσταλούν οι 2 εργαστηριακές ασκήσεις στο GitHub βάζοντας collaborator το mail georgeamanios@gmail.com (gmanios). Προσοχή στο mail, μην βάζετε λάθος mail, διαφορετικά δεν θα μπορέσουμε να βρούμε τις ασκήσεις και δεν θα πάρετε βαθμό.
ΕΚΦΩΝΗΣΕΙΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ 3
Α) Ανάλυση γονιδιακής έκφρασης με το GEO2R και ανάλυση εμπλουτισμού με το gProfiler
α) Μεταβείτε στην σελίδα της GEO (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/). Βρείτε μια case-control μελέτη στην οποία οι δύο ομάδες αναφέρονται ξεκάθαρα.
β) Με την μελέτη που βρήκατε στην GEO, πραγματοποιήστε ανάλυση διαφορικής έκφρασης στο GEO2R, ορίζοντας σωστά τα cases και τα controls, και κατεβάστε τα αποτελέσματα της ανάλυσης.
γ) Επιλέξτε τα top 100 διαφορικά εκφρασμένα γονίδια (p < 0.05 ) από τα αποτελέσματα και πραγματοποιήστε ανάλυση εμπλουτισμού στο gProfiler (https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost)
Β) GWAS μετα-ανάλυση με το PLINK και ανάλυση εμπλουτισμού με το gProfiler
ΠΡΟΣΟΧΗ : Για αυτή την άσκηση, θα πρέπει να εκτελέσετε το PLINK σε περιβάλλον Linux (είτε με WSL, Cygwin, VirtualBox, κλπ.)
α) Κατεβάστε το PLINK v.1.9 (Stable, Linux 64-bit) από την ακόλουθη διεύθυνση: (https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/)
β) Κατεβάστε τα ακόλουθα σύνολα δεδομένων από την διεύθυνση : https://github.com/gmanios/bioplhroforiki_II/tree/main/PLINK_EXAMPLE_data
γ) Πραγματοποιήστε μετα-ανάλυση με το PLINKκαι ανάλυση εμπλουτισμού με τα στατιστικά σημαντικά SNPs (p < 1e-8 ) στο gProfiler. Ερμηνεύστε και σχολιάστε τα αποτελέσματα της μετα-ανάλυσης και της ανάλυσης εμπλουτισμού.
